W dniu kapitulacji Wrocławia, tj. 6 maja 1945 r. proboszczem parafii św. Henryka był dziekan ks. dr Roman Reisse, który zginął tragicznie zastrzelony przez polski patrol na ul. Kościuszki 8 lipca 1945 r. Po śmierci ks. Reisse administrację parafii objął ks. Rudolf Lange, dotychczasowy wikariusz parafii. Władze hitlerowskie w czasie II wojny światowej ustanowiły miasto Wrocław twierdzą „Festung Breslau”, co spowodowało bardzo duże zniszczenie miasta, a zwłaszcza południowych dzielnic Wrocławia, w tym dzielnicy Krzyki, w której znajduje się parafia św. Henryka. Działania wojenne spowodowały, że budynek kościoła parafialnego św. Henryka we Wrocławiu przy ul. Glinianej został zniszczony w 60%, a budynek plebanii i domu parafialnego całkowicie.

Na skutek dużych zniszczeń pozostali w parafii Niemcy, którzy nie opuścili Wrocławia przed ustanowieniem go twierdzą, nie mieli gdzie się gromadzić i na ich prośbę pułkownik sowiecki Iwanow – komendant miasta, przydzielił im do celów sakralnych 9 lipca 1945 r. kaplicę po ewangelicką, położoną przy ul. Wielkiej 168, opuszczoną i trochę zniszczoną. Kaplica wraz z domem - 3-piętrowym blokiem, należała do gminy ewangelickiej wolnego kościoła "Freikirche" w Berlinie.

W wyniku ustaleń międzynarodowych Konferencji w Jałcie i Poczdamie, Polska powróciła na piastowskie polskie ziemie po wiekach odzyskane. W miarę przybywania na teren parafii Polaków-katolików, organizowano dla nich w kaplicy osobne nabożeństwa, które odprawiał ks. Tadeusz Kuntze – katecheta ze Lwowa obrządku ormiańskiego. Taki stan rzeczy trwał do 28 czerwca 1946 r. W tym czasie na mocy nominacji Kurii Administracji Apostolskiej Dolnego Śląska, przejął parafię ks. Dominik Kostial, proboszcz parafii Lwów – Kleparów, który jakiś czas zatrzymał się w diecezji opolskiej na Górnym Śląsku. Równocześnie z parafią św. Henryka ks. Kostial przejął parafię św. Ducha.  

Nowy ks. proboszcz miał wiele pracy, ponieważ oprócz pracy duszpasterskiej w obydwu parafiach, uczył jeszcze religii w szkołach podstawowych i w Liceum Pedagogicznym, a ponadto zajął się remontem kaplicy przy ul. Wielkiej 168 i kościoła parafialnego przy ul. Glinianej 16. Jego pracom przy remontach dzielnie sekundował Komitet Parafialny, a w pierwszym rzędzie Franciszek Remblewski, Stanisław Golanka, Pawłowski, Świątek, Maślanka, Szatkowski i inni. W kaplicy przy ul. Wielkiej ułożono na dachu nową dachówkę, usunięto przepierzenie pod chórem, dobudowano zakrystię, sprowadzono – za zezwoleniem Kurii Administracji Apostolskiej – ołtarz ze zniszczonego kościoła św. Karola Boromeusza we Wrocławiu. W kościele przy ul. Glinianej 16 wyremontowano dach nad kościołem, oraz odcięto zwisający dach nad zniszczonym prezbiterium. Szkoda, że wówczas wysadzono część murów prezbiterium minami, ponieważ zniszczono wiele cegieł, a materiał z więźby dachowej sprzedano.